微波對生物體的熱效應指的是由微波引起的生物組織或者是系統受熱而對生物體產生的影響，微波干燥設備也有微波的熱效應。熱效應主要是指生物體內有極分子在微波高頻電場的作用下反復地快速轉動而摩擦生熱的。體內離子在微波作用下振動也會將振動能量轉化成熱量，一般分子也會吸收微波能量后讓熱運動能量增加。如果生物體組織吸收的微波能量比較少的話，它可以借助自身的熱調節系統通過血循環將吸收的微波能量(熱量)散發到全身或體外。

    微波干燥設備的微波同樣也有非熱效應。在微波電磁場的作用力下，生物體內的一些分子將會產生變形振動，讓細胞膜功能受到一些影響，使細胞膜內外液體的電狀況發生變化，引起生物作用的改變，進而會影響到系統等。對微波干燥設備的非熱效應，人們還了解的不是很多。當生物體受強功率微波照射時，熱效應是比較重要的，長期的低功率密度微波輻射主要引起非熱效應。